O resgate da Gaara

Naruto e Jiraya voltam para Konoha. Ele descobre que muitos de seus antigos amigos viraram chuunin. Alguns jounin e Gaara o kazekage. Os Akatsukis Sasosi e Deidara vão até a Aldeia da Areia capturar Gaara, e selar o Shukaku. Naruto e sakura são desafiados por kakashi para ele ver o quanto eles evoluíram. Os times Kakashi e Gai partem junto com Chiyo para resgatar Gaara das mãos da Akatsuki. Tentando salvá-lo, Kankuro é envenenado por Sasori. No caminho, o time Kakashi tem que enfrentar Itachi, e o time Gai tem que enfrentar Kisame. Após passar por eles, eles tem que retirar os cinco selos que cobrem a entrada do esconderijo da Akatsuki. O time Gai tem que logo depois enfrentar cópias suas feitas pelo selo como armadilha. Deidara leva Gaara morto, na tentativa de capturar Naruto. Naruto e Kakashi vão atrás dele, enquanto Sakura e Chiyo enfrentam Sasori. As cópias do time Gai são derrotadas. Sasori morre, e os times Kakashi e Gai derrotam Deidara. Com Gaara morto, Chiyo o ressuscita com o Kishou Tensei. Kakashi revela o seu Mangekyou Sharingan. Vai dos capítulos 245 a 281 do mangá e dos episódios 1 a 32 do anime

Perseguição a Itachi

Sasuke acha que já treinou o suficiente com Orochimaru, e o mata, porém absorvendo parte do seu chakra. Sasuke vai até os esconderijos de Orochimaru procurar os ninjas mais fortes dos esconderijos, que são: Karin (que se apaixona por Sasuke), Suigetsu Hozuki e Juugo. Todos os três com habilidades especiais. Sasuke forma a equipe Hebi, que tem como objetivo matar Itachi. A equipe Hebi sai a procura de Itachi, que está perto de Konoha. Itachi e Kisame conseguem capturar o bijuu de quatro caudas. As equipes Kurenai e Kakashi partem por Konoha para procurar por Itachi e Sasuke. Sem sucesso, Naruto, Yamato e Hinata encontram Kabuto, que absorveu parte do chakra de Orochimaru, e está ficando igualzinho a ele. Kabuto entrega um bingo book da Akatsuki. Sasuke encontra Deidara e Tobi. Sasuke enfrenta e derrota Deidara, que semata com uma enorme explosão. Naruto e Itachi conversam sobre Sasuke. A missão falha. Na tentativa de encontrar o líder da Akatsuki, Jiraya parte para a Aldeia da Chuva, e encontra seus antigos alunos Nagato e Konan. Na verdade em vez de Nagato ele encontra o líder da Akatsuki, Pein. Pein mata Jiraya, que invoca dois sapos: Shima e Fukasaku, para usar o Modo Sennin. Fukasaku parte para Konoha para avisar sobre a morte de Jiraya. A equipe Hebi pode agora confrontar Itachi, porém somente Sasuke pode encontrá-lo. Suigetsu enfrenta Kisame, para tentar pegar a Samehada. Sasuke e Itachi lutam seriamente, e na luta, Itachi usa as três técncias do Mangekyou Sharingan: Tsukuyomi, Amaterasu e Susanoo. Os times Kurenai e Kakashi tentam impedir o confronto, porém no caminho encontram Tobi, que os enfrenta. Zetsu assiste à luta entre Itachi e Sasuke. na luta, Itachi sela o chakra de Orochimaru e faz o selo amaldiçoado não existir mais. Itachi morre. Após confrontar Konoha, Tobi é avisado da morte de Itachi, e leva sasuke até seu esconderijo, e conta todaa história do Clã Uchiha, e sobre Itachi. Sasuke muda o nome da equipe de Hebi para Taka, com o objetivo de destruir Konoha, se aliando à Akatsuki. Sasuke mostra seu Mangekyou Sharingan. Vai dos capítulos 343 a 402 do mangá, e dos episódios 113 a 118, e novamente do 121 até o 141 (devido ao 119 e ao 120 serem Kakashi Gaiden).